拜宝箧印塔可消去许多业障，虽然我们是用身体拜宝塔，但更重要的是我们的心。当拜宝塔的时候，心不要想其他任何东西，因为如果心有杂念，那么你这一次拜宝塔的功德则减少了。
很多修行人在修宝箧印法门时，都是用拜宝塔的方式来修的；但是也有很多人拜了很久的宝塔，并不见他们的业障有所消除，原因是什么呢？就是因为在拜宝塔时妄念丛生的原故。妄念生起，使心力分散；心力分散则功德力就不汇聚，功德力不汇聚，业障则难以消除。
当问及修行人在拜宝塔时，有没有打妄念？他会说好像没有。因为凡夫是处在无明之中，打了妄念也不知道。所以在拜宝塔之时，一定不要打妄念，身语意要收摄在一处。
当身体在拜，口在念诵咒语，意则观想自己在绕塔。拜宝塔最诚敬的方式是用五体投地的来拜；若不方便的话，可以用问讯的方式来揖拜。口在念咒语，可以连续不断的念诵根本咒，或念心咒，又或一拜一念“南无一切如来心秘密全身舍利宝箧印陀罗尼经”，或“南无一切如来心秘密全身舍利宝箧印陀罗尼”皆可以。
在拜宝塔时，意念的运用有很多种形式和方法，比如第一种方法，在拜宝塔时，什么也不要想。但是凡夫很难做到，因为凡夫认为没有打妄念，但自己打了妄念也不知道。
拜宝塔时，可以观想“宝箧印陀罗尼”的全体梵字，或者咒文任何一个梵字，来摄住意念。第三种方法，就是心要一直想着宝塔的形象，或者想宝塔的一部分也可以。观想释迦牟尼佛之佛身，汇聚了宝箧印法九十九百千万俱胝恒沙如来于一身，同为一体。设若本尊是观世音菩萨的话，也可以观想观世音菩萨，同样与传授宝箧印法中的一切如来汇为一体，不管修行人的本尊是哪位佛菩萨，也可以如此作观。
可以观想自己分身拜绕宝塔。当自己拜宝塔的同时，可观想另一分身在同时绕塔，这样业障消除迅速，功德亦大。分身其实行不行呢？当修行人的意念发出，其分身就在另一个空间展现，只是我们自己看不到而已。比方我们走在街上，当想到自己的家，脑中就会呈现家里的图像。当意念发出来的时候，其实你已回到家里，只是心眼被无明遮蔽，家里的景物看的不太清楚而已。
若我们修到菩萨的境界时，意生身一出（就是意念发出所生成的身体，修行层次越高，意生身的数量愈多，能力也越高。）就可立刻回到家里，一切看的清清楚楚、明明白白，而且还可移动家内物品，甚至可以心力影响及改变家人的情绪。
拜宝塔时，观想历劫父母以及怨亲债主都来与我们共同参拜。不能知道他们的容貌，没有关系，因为当我们意念动了的时候，他们都在，功德亦在。当观想恩人与仇人与你一同拜宝塔时，实际对自己有很大的利益。当观想今生父母与自己一同拜宝塔时，可以消除他们历劫的业障，也可以报父母今世之大恩。
在我们过去生中，多少都会与一些众生结怨；当因缘和合时，大家互相酬偿果报。今生当中，有寃结而当面不能化解者，即可观想与寃家一同拜宝塔。如果我们持之以恒观想冤家与我们一同拜宝塔，通过九十九百千万俱胝恒沙如来和宝箧印陀罗尼加持的威力，则会影响现在冤家仇人的灵识及肉身，彼此两方连结的怨气场便逐渐散去，冥冥中将怨恨化解，这是解除历劫怨仇的好方法。
随着我们修行的道力增加，就可以分更多身同时拜更多宝塔，消更多的业障，积更多之功德，修行果位也可以慢慢向上提升。所谓“念佛一句，福增无量；礼佛一拜，罪灭河沙。”现在我们做身语意拜宝塔的修行，更可想而知可增加何等的福报，消何等的罪业！但最重要就是我们的心不要打妄想。
所拜的宝塔，只要如法依经书建造，塔中安放有“宝箧印陀罗尼经”或“宝箧印陀罗尼”才是生起功德及威力的关键。当然根据密教来说，宝塔都是按照五轮塔的形式去造。
为什么宝箧印塔要依照五轮塔的样式来建造呢？因为五轮塔是根据法界宇宙五种不同的形状实体来造。五轮塔代表宇宙的地水火风空五种能量。假如塔中没有安置“宝箧印陀罗尼”或“宝箧印陀罗尼经，但是宝塔若按照五轮塔的样式来建造，同样能吸收地水火风空五大要素的力量。
如果将“宝箧印陀罗尼”或“宝箧印陀罗尼经”安置在五轮塔中，那么一切功德就像经中所说的那样。五轮塔的构造是如何的呢？五轮塔由下往上，最下面是四方形；方形在宇宙中代表地轮，颜色是黄色。向上一层是水轮，水轮以圆形代表，颜色是白色。再上一层是火轮，火轮形状是三角锥形，颜色是红色。火轮之上是风轮，风轮形状是半月形，颜色是黑色。最高一层是空轮，形状是摩尼宝珠形，颜色则是青色。
五轮塔代表宇宙的地水火风空五大元素能量，也代表诸佛的法身。其实就算不是按照密教五轮塔的样式来建造宝塔，而是采用吴越王钱宏俶作古塔的样式来安放“宝箧印陀罗尼”或“宝箧印陀罗尼经”，其功德与五轮塔的功德都是无二无别。
国土风调妙吉祥 民生安乐免灾殃
一切如来心秘密 皈依下拜咒中王
意生化作塔轮樘 基阶楹础放金光
咒气护身如剑气 天魔魍魉未能伤
众生长夜堕无明 几人得遇印心经
一夜楼前观细雨 有谁知我此时情
沙娃达他加达吔 陀罗尼句吐光华
但愿慈悲心永在 小桥流水放鱼虾
焚膏拜塔别凡流 名关欲爱两皆休
幸得人身逢正法 佛恩浩荡永难酬